Berbagai program unggulan telah disiapkan dan disusun untuk kegiatan pembelajaran. Program-program tersebut diharapkan dapat mengembangkan kemampuan siswa, baik di bidang akademik, sosial, maupun keagamaan. Beberapa program tersebut diantaranya:

1.Creative Research SMAM10

Untuk melatih dan mengembangkan kemampuan siswa dalam melakukan penelitian, maka sekolah memiliki program unggulan Creative Research SMAMIO (CR-10). Program ini mewadahi ide-ide kreatif yang dimiliki siswa sehingga mereka dapat melakukan penelitiannya secara mandiri. Sebelumnya, siswa dibekali dengan dasar penelitian dan dikenalkan dengan penelitian-penelitian terdahulu yang pernah meraih prestasi luar biasa di kancah internasional. Penelitian yang akan dilakukan tidak terbatas pada bidang sains saja. Siswa-siswa yang memiliki minat di bidang sosial pun akan dibimbing untuk dapat melakukan penelitian di bidang tersebut. Kegiatan ini dilaksanakan pada pekan terakhir tiap bulan.

2.Motivation Day & Guest Teacher

Melalui program program unggulan Guest Teacher, sekolah bekerja sama dengan banyak pihak, terutama perguruan tinggi ternama di Indonesia, juga mendatangkan  para akademisi dan praktisi datang langsung ke untuk berbagi ilmu dengan para siswa tentang berbagai topik, baik di bidang akademik maupun social. Sedangkan kegiatan Motivation Day dikemas dalam bentuk sharing session dengan pemateri motivator-motivator nasional. Kedua program unggulan ini diadakan secara bergantian pada pekan kedua tiap bulan.

3.Korps Mubaligh Muda Muhammadiyah (KM3)

Dalam rangka mencetak kader-kader Muhammadiyah yang militan, maka sekolah mengadakan  program KM3. Program ini bertujuan untuk melatih dan mengembangkan kemampuan siswa dalam berdakwah, baik di kalangan warga Muhammadiyah maupun masyarakat umum. Program ini dilaksanakan tiap Jumat.