Pembinaan Al-Islam untuk siswa dilakukan agar memiliki ketauhidan yang murni dengan mengesakan Allah SWT dalam kedihupan setiap siswa, pembekalan kemampuan fiqih ibadah sehari dalam menjalankan ibadah juga disiapkan sesuai tuntunan Rosulullah Muhammad SAW, agar siswa memiliki kecakapan dalam sholat wajib dan sunnah, kesopanan terhadap orang tua dan lingkungan, kemampuan membaca alqur’an secari tartil, serta program tahfidz quran. Untuk menunjang keterlaksanaan program diatas perlu disusun strategi khusus dengan waktu yang tercukupi diantaranya adalah qur’an day, tahfidz morning, religion day, malam taqorrub, sholat dhuha, pembiasaan kegiatan positif, motivation day dengan pemateri dari guru dan ahlinya.
1. Religion Day
Dalam kegiatan ini, siswa tak hanya melakukan tadarus dan menghafal Al-Quran, tetapi juga melakukan kajian islami dengan tema seputar kehidupan remaja. Kegiatan ini dilakukan pada pekan pertama tiap bulan.
2.Korps Mubaligh Muda Muhammadiyah (KM3)
Dalam rangka mencetak kader-kader Muhammadiyah yang militan, SMAMIO memiliki program KM3. Program ini bertujuan untuk melatih dan mengembangkan kemampuan siswa dalam berdakwah, baik di kalangan warga Muhammadiyah maupun masyarakat umum. Program ini dilaksanakan tiap Jumat.
3. Qur’an Day
Kegiatan ini dilaksanakan 2 kali dalam sebulan dan dilaksanakan di luar sekolah, misalnya di rumah siswa, dan lainnya. Kegiatan ini bertujuan untuk membumikan AlQuran dengan mengajak siswa bermurojaah dan bermain game yang melatih hafalan Al-Quran mereka.